掠夺者舰队被肃清后，三域联盟对星核技术进行了全面优化——在所有星核设备中嵌入“双重安全锁”，一层由三源能量驱动，一层由星核净化符文守护，彻底杜绝暗频病毒入侵的可能。云航则每日前往星尘之源的核心圣殿，用秩序核心与文明火种保持微弱共鸣，监测星核能量的稳定性。
起初，一切都平稳有序。星核战舰的巡航范围扩大到宇宙边缘，星核机甲在新守护者的操控下，轻松解决了几起型时空异常。可一个月后，云航在共鸣时突然感受到一阵强烈的能量波动——文明火种的光芒忽明忽暗，传递出“不安”的情绪，同时，三大星域的星核水晶都出现了细微的震颤。
“队长，侦测到宇宙深处传来‘星核共鸣波’，频率与我们的星核水晶完全一致！”陈的声音带着急促，屏幕上显示出一道来自“未知星团”的能量信号，“这股波动正在快速靠近，而且强度越来越大！”
星垣立刻调取星核文明的记载，发现一段被忽略的文字：“星核之力，宇宙共通；同源星核，引动浩劫。”他脸色骤变：“宇宙中可能存在其他星核文明的遗迹，这股共鸣波，或许是其他星核发出的‘召唤信号’，但如果对方的星核已被污染，我们的星核会被强行同化，引发连锁爆炸！”
话音刚落，星尘之源的星核水晶突然爆发出刺眼的光芒，能量波动瞬间失控，周围的星轨符文开始倒转。云航立刻冲进圣殿，将秩序核心与文明火种的能量全部注入水晶，试图稳定波动。可共鸣波的强度再次提升，水晶表面出现裂痕，一股黑色能量从裂痕中渗出——竟是被净化过的暗物质能量！
“暗物质能量在通过共鸣波复苏！”云航咬牙坚持，高频刃凝聚三源-星核融合能量，在水晶周围划出净化符文。金色光芒与黑色能量剧烈碰撞，水晶的震颤暂时减缓，但宇宙深处的共鸣波仍在持续增强。
三域联盟紧急启动“星核隔离计划”：将所有星核设备与主星核断开连接，同时派遣舰队前往未知星团，查明共鸣波的来源。云航亲自带领“流火号”与精英机甲队出发，星核守护者留下的能量印记也随之亮起，似乎在预警危险。
舰队航行三后，抵达未知星团外围，眼前的景象令人心惊：星团中心悬浮着一颗“巨型星核”，表面覆盖着厚厚的暗物质外壳，正不断释放共鸣波，周围的星球都已被暗物质吞噬，只剩下死寂的星岩。更可怕的是，巨型星核周围，盘踞着无数“暗物质星核生物”——它们由暗物质与星核能量融合而成，躯体上的星核水晶能释放出毁灭性的能量炮。
“巨型星核已被暗物质完全污染，它的共鸣波是为了吸引宇宙中的所有星核，将它们全部污染！”云航下令舰队展开防御阵型，“机甲队随我潜入，用文明火种的能量净化巨型星耗核心！舰队负责牵制暗物质生物！”
“星陨”机甲率先突破生物群，高频刃斩断一只生物的星核水晶，生物瞬间崩溃。可更多生物涌来，它们的能量炮同时开火，金色的防御护盾剧烈震颤，随时可能破碎。阿凯的“狂岩”机甲带着队冲上前，用星核能量构建巨型屏障，为云航争取时间。
云航终于抵达巨型星核下方，发现其核心处有一道“能量通道”，正是共鸣波的发射源。他将文明火种的能量注入高频刃，形成一道金色光刃，狠狠刺入通道。光刃接触到暗物质外壳，发出滋滋的腐蚀声，外壳逐渐消融，露出内部的纯净星核——原来巨型星耗核心并未被污染，只是被暗物质外壳包裹，被迫释放共鸣波。
“快摧毁暗物质外壳的能量源！在核心下方的暗物质晶体！”星垣的声音传来，云航立刻调整方向，光刃直刺暗物质晶体。晶体破碎的瞬间，暗物质外壳失去能量支撑，开始快速瓦解。巨型星耗共鸣波恢复正常，传递出“感激”的情绪，周围的暗物质星核生物也随之消散。
可就在这时，宇宙深处突然传来一阵更强烈的能量波动——另一颗被污染的巨型星核，正在遥远的星域释放共鸣波。“看来被污染的星核不止一颗，这是一场波及整个宇宙的星核危机！”云航握紧高频刃，眼中闪过坚定。
舰队带着巨型星耗纯净能量样本返航，三域联盟决定启动“宇宙星核净化计划”：用文明火种与纯净星耗能量，研发“星核净化弹”，逐一净化宇宙中被污染的星核。云航站在“流火号”的舰首，望着浩瀚的星空，知道一场横跨宇宙的守护之战，才刚刚开始。