修复舰队返回星尘之源后，三域联盟将本源时空晶核碎片分别存放在三大星域的核心宝库中，同时启动“晶核能量研究计划”——由三域科学家联合解析碎片的时空能量特性，希望能开发出更强的宇宙屏障防护技术。
云航作为计划的总协调人，每日都会前往星尘之源的宝库查看碎片状态。起初，碎片始终散发着稳定的透明光芒，能量波动平缓可控。可半个月后，陈突然带着紧急报告冲进宝库：“队长！晶核碎片出现异变！它们正在吸收周围的暗物质能量，表面还浮现出黑色纹路！”
云航立刻赶到宝库，只见原本透明的晶核碎片已变成暗紫色，表面的黑色纹路如同血管般不断蠕动，释放出的时空能量中夹杂着一股陌生的“暗物质能量”。更可怕的是，碎片周围的星轨符文开始失效，宝库的能量防护罩竟被暗物质能量缓慢腐蚀。
“立刻将碎片转移到隔离舱！”云航下令封锁宝库，同时召集三域科学家紧急会诊。星链先民的老科学家检查碎片后，脸色凝重：“这些黑色纹路是‘暗物质印记’，晶核碎片在修复宇宙屏障时，可能吸收了维度君王残留的暗物质能量，现在正在唤醒沉睡在暗物质中的‘暗物质生物’！”
话音刚落，隔离舱的警报突然响起。碎片表面的黑色纹路裂开，一只通体漆黑、形似章鱼的暗物质生物破壳而出，它的触手能穿透隔离舱的合金壁，释放出能吞噬能量的暗物质波。“快启动三源净化装置！”星垣大喊，符文能量网瞬间展开，将暗物质生物困在其郑可生物的触手穿透能量网，直扑最近的科学家。
“星陨”机甲及时冲入宝库，高频刃注入三源能量，斩断暗物质生物的触手。被斩断的触手落在地上，竟分裂成数只型暗物质生物，朝着四周逃窜。“它们和维度生物一样能分裂！必须彻底净化！”云航操控机甲释放三源能量波，金色、青色与银色的光芒笼罩宝库，型生物瞬间被净化，大型生物的躯体也开始消融。
可其他星域的宝库同时传来警报——存放的晶核碎片全部出现异变，暗物质生物已突破隔离，开始攻击核心区域。云航立刻调配三域机甲队支援，自己则带领精英队前往星源二号，那里的暗物质生物数量最多，甚至出现了一只体型超过百米的“暗物质领主”。
抵达星源二号时，核心宝库已被暗物质能量笼罩，领主正用触手缠绕星源二号的核心能量柱，试图吸收核心能量。“阻止它！一旦核心能量被吸收，星源二号会彻底失去生机！”云航的“星陨”机甲冲向领主，高频刃直刺其核心。领主的触手横扫而来，机甲被瞬间击飞，撞在能量柱上，装甲出现巨大裂痕。
阿凯的“狂岩”机甲带着队冲上前，重型护盾挡住触手的攻击，同时释放震动能量，干扰领主的动作。里昂的银纹舰队则从空中发起攻击，银色能量炮轰在领主的躯体上，却只能留下短暂的伤口——暗物质能量能快速修复损伤。
“用晶核碎片的能量反制它！”星链科学家的声音传来，“暗物质生物由晶核碎片唤醒，碎片的时空能量能克制它们的暗物质能量！”云航立刻让队取出备用的晶核碎片，注入三源能量后，朝着领主掷去。碎片接触到领主的躯体，瞬间爆发出透明光芒，暗物质能量如同遇到烈火的冰雪般快速消散。
“就是现在！”云航操控机甲跃起，高频刃凝聚全部三源能量与时空能量，狠狠刺入领主的核心。透明与金银青三色能量在领主体内爆发，它的躯体开始剧烈抽搐，最终化作一缕暗物质能量，被晶核碎片彻底净化。
随着领主的死亡，星源二号的暗物质生物失去控制，被机甲队逐一肃清。其他星域的暗物质危机也在晶核碎片的克制下逐渐解除。三域联盟最终决定，将剩余的晶核碎片全部封存于星链星域的“时空封印塔”，用星链符文与三源能量双重封印，防止再次出现异变。
危机解除后，云航站在封印塔前，望着塔内稳定的晶核碎片，心中满是感慨。星垣走到他身边，轻声：“宇宙中的每一种力量都有两面性，本源时空晶核既能修复屏障，也能唤醒危险，未来我们探索宇宙时，更要保持敬畏之心。”
云航点头，看向三大星域的方向。