“宇宙自然保护协会”成立后的一年里，绿能技术在联盟星域的应用成效显着——破碎星区的星际牧草覆盖面积扩大了三倍，成为星际牧场；被虚空族破坏的蓝星附属星球，磁场通过绿能核心修复，重新恢复了宜居环境；甚至连原始星核区的新星核，都因绿能的滋养，能量波动变得更加稳定。
然而，一场突如其来的危机悄然降临。这，多个星域的绿能净化站同时发出警报，绿能核心的能量输出突然锐减，部分净化站的核心晶体甚至出现了黑色腐蚀纹路。林夏接到报告时，正与绿星首领在守护星商议生态协同计划，两人立刻带领技术团队，前往最早出现异常的北航道绿能站。
抵达后，技术团队检测发现，绿能核心的腐蚀纹路中，藏着一种从未见过的“噬能微生物”——它们以绿能为食，繁殖速度极快，且能通过宇宙能量网络快速传播。“这些微生物不是自然产生的。”绿星首领看着显微镜下的微生物，脸色凝重，“它们的基因序列中，有明显的人工改造痕迹，有人在故意破坏绿能系统！”
云航得知消息后，立刻前往联盟总部，调取近期各星域的人员流动记录与能量异常数据。经过排查，发现噬能微生物的传播源头，指向了联盟边缘的“废弃矿星”——那里曾是暗影域的隐藏据点，虽被联盟清理，却仍有未被发现的暗哨。
林夏随即带领联合舰队前往废弃矿星。矿星表面布满了废弃的矿洞，舰队在最大的矿洞深处，发现了一座隐藏的实验室，实验室的控制台前，几名穿着黑色斗篷的人正操作仪器，向宇宙能量网络中注入噬能微生物的培养液。“是暗影域的余党！”舰队成员厉声喝道，立刻发起攻击。
黑色斗篷人见状，启动了实验室的自爆装置，试图销毁证据。林夏眼疾手快，带领队冲进去，在自爆前夺下了培养液的样本与实验记录。从记录中得知，暗影域余党试图通过破坏绿能系统，引发联盟星域的生态崩溃，趁机重新入侵联盟。
“必须尽快研发出抑制噬能微生物的药剂！”返回总部后，林夏召集联盟各文明的生物学家与绿星技术团队，成立“抗噬能研究组”。云航则带领守护者队，在宇宙能量网络中布设“能量滤网”，暂时阻止微生物进一步传播。
研究过程并非一帆风顺——噬能微生物的变异速度极快，普通的抑制剂刚研发出，就被微生物突破。就在众人陷入困境时，云航想起了守护星文明火种库中的记录：“上古时期，绿星文明曾用‘星核花粉’抑制过类似的噬能生物，或许我们可以尝试！”
绿星首领立刻带领团队，前往绿星的“上古花粉库”，提取出保存完好的星核花粉。研究组将星核花粉与绿能核心的能量结合，研发出一种新的“抗噬能药剂”。当药剂注入受损的绿能核心时，黑色腐蚀纹路迅速消退，核心的能量输出也逐渐恢复。
为了彻底清除噬能微生物，联盟舰队与绿星的“植物战舰”组成联合队，对所有绿能净化站进行药剂喷洒，同时摧毁了暗影域余党在其他星域的隐藏实验室。经过半个月的奋战，噬能微生物被彻底清除，绿能系统恢复正常运转。
危机解除后，联盟在原始星核区举行了“同心庆典”。绿星首领将一颗“绿能共生晶”赠予联盟，嵌入新星核知—从此，绿能与星核能量深度融合，形成了能自动抵御噬能生物的“共生屏障”。云航站在庆典现场，看着来自各文明的代表相互致谢，心中满是感慨：“每一次危机，都让联盟更加团结；每一次破局，都让我们的守护更加坚定。”
林夏走到云航身边，手中握着一份新的联盟发展计划：“老师，接下来我们计划将共生屏障推广到所有星域，同时联合绿星、守护星，研发‘星际生态预警系统’，提前防范类似的生态危机。”
云航点头，目光望向星空中的共生光带：“好，未来的路，还需要你们继续走下去。记住，只要联盟各文明同心同德，就没有跨不过的难关，没有守不住的和平。”